Расследование инцидентов экономической безопасности несмотря на созвучность с подобными процедурами, осуществляемыми в рамках УПК РФ, тем не менее имеет заметные отличия.
В обоих случаях необходимо установить причины и условия происшествия, причастных лиц, роли участников, причинно-следственные связи между их действиями/бездействием и наступившими нежелательными последствиями.
Ключевое отличие в том, что обычное следствие направлено на установление виновных и сбор доказательств, их изобличающих. В случае если процесс или операция не регламентированы или не относятся к зоне ответственности подозреваемого, то его преследование прекращается. А неурегулированность правоотношений просто констатируется, например, путем внесения Представления.